在中国商周时期，就记录了酿酒制酱作饴等应用微生物中酶的生产活动。
但是关于酶的本质，迟至20世纪之初方获结论。
19世纪中期，人们仍认为酶必须在有生命的生物体中才起作用;
酶一词的希腊文原义即“在酵母中”。
1897年发现无细胞的酵母提取液也可发酵，方知酶在细胞外依然可起作用。
但是当时对它的化学本质尚无所知。
1926年美国生物化学家，化脲酶获得结晶，证明其为蛋白质，首先提出酶是蛋白质的概念。
不过当时的学术权威多持异议，不以为酶已被结晶出来，反认为结晶了的是无作用的蛋白质，而起酶作用的却是附在其上的不明性质的污染物。
后来其他科学家也纯化结晶得到诸如胃蛋白酶和胰蛋白酶等多种蛋白质水解酶，并也都证明它们都是蛋白质，酶的本质是蛋白质这结论才得到科学界认可。
现已发现的数千种酶，已纯化结晶的数百种酶，以及分析测定了一级化学结构的酶，都证明是蛋白质。
酶是蛋白质的概念如此牢固，若发现具有催化作用而非蛋白质的大分子，或不宜以酶称之。
因此新发现的几种具催化活性的核糖核酸，被称为类酶(ribozyme，亦有译为核质酶、核酶、RNA酶)。