南红与玛瑙的区别是质地不同、盘玩效果不同、纹路不同、色泽不同、价格不同、颜色不同。
质地不同
南红玛瑙与红玛瑙最大的区别就在于质地的细腻油润，胶质感强烈，几乎脱离了玉石质地的范畴，反倒与和田玉的玉质之感相似。所以南红玛瑙看上去细滑脂润，浑厚迷人，普通红玛瑙根本不能与之并论。
盘玩效果不同
南红具有一定油性，盘玩时间越久，其润度越高，而这些都是玛瑙不能企及的。
纹路不同
玛瑙一般多见红白缠丝纹，而南红则很少。
色泽不同
南红的红色是由众多细小的红点组成，在放大镜下观察，可以看到南红玛瑙表面是点点星星的，这种色泽组成结构为南红所独有，普通红玛瑙根本没有这个特点。
价值区别
南红，古称”赤玉”。它本身也具有玉的属性和玉的价值，玉的传统文化价值，从某种角度来说，其实也就是南红的传统文化价值。而且中国历代皇室和佛家都痴迷于收藏把玩南红。因此市面上一般会将南红视为玉石。
颜色不同
南红玛瑙与红玛瑙，两者的颜色相仿。但是跟普通红玛瑙相比，南红玛瑙的颜色要更加鲜艳亮丽，是一种热情似火的浓重红色，普通红玛瑙根本不能与之相比。